HTMLヘルパーで checkbox を表示するには下記のように書きます。
<?php echo $html->checkbox('Model/field', null, array('value'=>1)); ?>
出力される HTML は下記のようになります。
（実際は1行で出力されますが改行入れています）

<input type="hidden" name="data[Model][field]"  value="0" id="ModelField_" /
<input type="checkbox" name="data[Model][field]" value="1" id="ModelField"  />

checkbox と同じ名前の hidden を勝手に作ってくれるのでチェックされていなくても必ず $this->data["Model"]["field"] には値が帰ってくるのでうれしいかも。

ちなみに第2引数は checkbox では使用されていませんでした。
他のメソッドと統一するためにあるのでしょう。

第3引数に

array('checked'=>1) or
array('checked'=>true) or
array('checked'=>'checked')

などとするとデフォルトでチェックが入ります。

ちなみに HTML_QuickForm のように勝手に label タグで囲んではくれないので、チェックボックスの後ろに書かれた項目名などをクリックしてもチェックされるようにしたければ自分で label タグを書く必要があります。checkbox の ID は ModelField のようになるので、
<label for="ModelField"><?php echo $html->checkbox('Model/field', null, array('value'=>1)); ?>項目名</label>

とすれば「項目名」のテキストをクリックしてもチェックすることができるようになります。

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